Con el regreso de Carlos Bianchi al club, aunque esta vez como manager, el equipo encara la temporada con la intención de repetir el campeonato. Ya vuelve a contar con Palermo y Palacio, recuperados de sus lesiones, en el arco regresa Abbondanzieri tras 2 años y medio en Europa y se va Dátolo a jugar a Italia. Sin embargo, la campaña es muy mala, terminando muy cerca del fondo de la tabla
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 08/02/2009 | Fecha 1 | Gimnasia (J) 1 - Boca 2
 08/02/2009 |
Gimnasia y Esgrima (Jujuy) | V | |
| 14/02/2009 | Fecha 2 | Boca 0 - Newell´s 2
 14/02/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 22/02/2009 | Fecha 3 | Lanús 1 - Boca 0
 22/02/2009 |
Lanús | V | |
| 01/03/2009 | Fecha 4 | Boca 3 - Huracán 1
 01/03/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 08/03/2009 | Fecha 5 | Independiente 2 - Boca 0
 08/03/2009 |
Huracán | V | |
| 15/03/2009 | Fecha 6 | Boca 3 - Argentinos 0
 15/03/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 22/03/2009 | Fecha 7 | Tigre 0 - Boca 0
 22/03/2009 |
Tigre | V | |
| 05/04/2009 | Fecha 8 | Boca 1 - Godoy Cruz (Mza.) 1
 05/04/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 12/04/2009 | Fecha 9 | Estudiantes (LP) 1 - Boca 0
 12/04/2009 |
Ciudad de La Plata | V | |
| 19/04/2009 | Fecha 10 | Boca 1 - River 1
 19/04/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 26/04/2009 | Fecha 11 | R. Central 2 - Boca 0
 26/04/2009 |
Rosario Central | V | |
| 03/05/2009 | Fecha 12 | Boca 2 - Banfield 3
 03/05/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 10/05/2009 | Fecha 13 | San Lorenzo 1 - Boca 1
 10/05/2009 |
San Lorenzo de Almagro | V | |
| 17/05/2009 | Fecha 14 | Boca 2 - Arsenal 1
 17/05/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 24/05/2009 | Fecha 15 | Vélez 2 - Boca 0
 24/05/2009 |
Vélez Sársfield | V | |
| 31/05/2009 | Fecha 16 | Boca 3 - San Martín (Tuc) 0
 31/05/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 14/06/2009 | Fecha 17 | Racing 3 - Boca 0
 14/06/2009 |
Racing Club | V | |
| 21/06/2009 | Fecha 18 | Boca 1 - Gimnasia (LP) 2
 21/06/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 04/07/2009 | Fecha 19 | Colón (Sta. Fe) 1 - Boca 3
 04/07/2009 |
Colón (Santa Fe) | V |
Boca ganó: 6 (31.58%)
Empató: 4 (21.05%)
Perdió: 9 (47.37%)
Goles convertidos: 22 (1.16)
Goles recibidos: 25 (1.32)
Total Partidos: 19 (38.60%)
| Jugador | Partidos | Goles |
|---|---|---|
Abbondanzieri, Roberto Carlos
 Partidos jugados por Roberto Carlos Abbondanzieri en Torneo Clausura 2009 |
19 | 0 |
Gaitán, Osvaldo Fabián Nicolás
 Partidos jugados por Osvaldo Fabián Nicolás Gaitán en Torneo Clausura 2009 |
17 | 1 |
Forlín, Juan Daniel
 Partidos jugados por Juan Daniel Forlín en Torneo Clausura 2009 |
16 | 1 |
Palermo, Martín
 Partidos jugados por Martín Palermo en Torneo Clausura 2009 |
15 | 7 |
Krupoviesa, Juan Angel
 Partidos jugados por Juan Angel Krupoviesa en Torneo Clausura 2009 |
15 | 0 |
Mouche, Pablo Nicolás
 Partidos jugados por Pablo Nicolás Mouche en Torneo Clausura 2009 |
15 | 0 |
Ibarra, Hugo Benjamín
 Partidos jugados por Hugo Benjamín Ibarra en Torneo Clausura 2009 |
14 | 0 |
Palacio, Rodrigo Sebastián
 Partidos jugados por Rodrigo Sebastián Palacio en Torneo Clausura 2009 |
12 | 2 |
Roncaglia, Facundo Sebastián
 Partidos jugados por Facundo Sebastián Roncaglia en Torneo Clausura 2009 |
12 | 2 |
Cáceres, Julio César
 Partidos jugados por Julio César Cáceres en Torneo Clausura 2009 |
11 | 0 |
Riquelme, Juan Román
 Partidos jugados por Juan Román Riquelme en Torneo Clausura 2009 |
11 | 0 |
Vargas, Fabián Andrés
 Partidos jugados por Fabián Andrés Vargas en Torneo Clausura 2009 |
11 | 0 |
Battaglia, Sebastián Alejandro
 Partidos jugados por Sebastián Alejandro Battaglia en Torneo Clausura 2009 |
10 | 1 |
Gracián, Leandro
 Partidos jugados por Leandro Gracián en Torneo Clausura 2009 |
10 | 0 |
Figueroa, Luciano Gabriel
 Partidos jugados por Luciano Gabriel Figueroa en Torneo Clausura 2009 |
9 | 4 |
Benavídez, Exequiel Emanuel
 Partidos jugados por Exequiel Emanuel Benavídez en Torneo Clausura 2009 |
9 | 0 |
Chávez, Cristian Manuel
 Partidos jugados por Cristian Manuel Chávez en Torneo Clausura 2009 |
8 | 1 |
Viatri, Lucas Ezequiel
 Partidos jugados por Lucas Ezequiel Viatri en Torneo Clausura 2009 |
8 | 1 |
Morel Rodríguez, Claudio Marcelo
 Partidos jugados por Claudio Marcelo Morel Rodríguez en Torneo Clausura 2009 |
8 | 0 |
Noir, Ricardo Daniel
 Partidos jugados por Ricardo Daniel Noir en Torneo Clausura 2009 |
5 | 1 |
Sauro, Gastón
 Partidos jugados por Gastón Sauro en Torneo Clausura 2009 |
5 | 0 |
Barroso, Julio Alberto
 Partidos jugados por Julio Alberto Barroso en Torneo Clausura 2009 |
4 | 0 |
Díaz, Damián Rodrigo
 Partidos jugados por Damián Rodrigo Díaz en Torneo Clausura 2009 |
4 | 0 |
Drocco, David Hernán
 Partidos jugados por David Hernán Drocco en Torneo Clausura 2009 |
3 | 0 |
Fondacaro, Carlos Rubén
 Partidos jugados por Carlos Rubén Fondacaro en Torneo Clausura 2009 |
3 | 0 |
Battaglia, Sebastián Alberto
 Partidos jugados por Sebastián Alberto Battaglia en Torneo Clausura 2009 |
2 | 0 |
Muñoz, Ezequiel Matías
 Partidos jugados por Ezequiel Matías Muñoz en Torneo Clausura 2009 |
2 | 0 |
Paletta, Gabriel Alejandro
 Partidos jugados por Gabriel Alejandro Paletta en Torneo Clausura 2009 |
2 | 0 |
Aguirre, Leandro Damián
 Partidos jugados por Leandro Damián Aguirre en Torneo Clausura 2009 |
1 | 0 |
Colazo, Nicolás Carlos
 Partidos jugados por Nicolás Carlos Colazo en Torneo Clausura 2009 |
1 | 0 |
González, Alvaro Rafael
 Partidos jugados por Alvaro Rafael González en Torneo Clausura 2009 |
1 | 0 |
Jugadores utilizados: 31
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
Ischia, Carlos
 Partidos dirigidos por Carlos Ischia en Torneo Clausura 2009 |
17 |
Alves, Abel Aníbal
 Partidos dirigidos por Abel Aníbal Alves en Torneo Clausura 2009 |
2 |
