Enfrentando a Vélez en la primera fase, empieza la participación de Boca en el torneo sudamericano del segundo semestre. Se produce el retorno del DT Basile al club luego de 3 años. La eliminación se da sin atenuantes y el año se completa sin ninguna actuación destacada en los certámenes internacionales. Liga Deportiva Universitaria de Ecuador obtiene el lauro.
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 20/08/2009 | Primera Fase. Partido de Ida | Boca 1 - Vélez 1
 20/08/2009 |
Boca Juniors | L | |
| 16/09/2009 | Primera Fase. Partido de Vuelta | Vélez 1 - Boca 0
 16/09/2009 |
Vélez Sársfield | V |
Boca ganó: 0 (0.00%)
Empató: 1 (50.00%)
Perdió: 1 (50.00%)
Goles convertidos: 1 (0.50)
Goles recibidos: 2 (1.00)
Total Partidos: 2 (16.67%)
✓ Triunfo = Empate ✕ Derrota
| 1 |
Abbondanzieri, Roberto Carlos
 Partidos jugados por Roberto Carlos Abbondanzieri en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 5 |
Battaglia, Sebastián Alejandro
 Partidos jugados por Sebastián Alejandro Battaglia en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 2 |
Cáceres, Julio César
 Partidos jugados por Julio César Cáceres en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 22 |
Gaitán, Osvaldo Fabián Nicolás
 Partidos jugados por Osvaldo Fabián Nicolás Gaitán en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 4 |
Ibarra, Hugo Benjamín
 Partidos jugados por Hugo Benjamín Ibarra en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 11 |
Insúa, Federico
 Partidos jugados por Federico Insúa en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 8 |
Medel, Gary Alexis
 Partidos jugados por Gary Alexis Medel en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 3 |
Morel Rodríguez, Claudio Marcelo
 Partidos jugados por Claudio Marcelo Morel Rodríguez en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 9 |
Palermo, Martín
 Partidos jugados por Martín Palermo en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 15 |
Paletta, Gabriel Alejandro
 Partidos jugados por Gabriel Alejandro Paletta en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 10 |
Riquelme, Juan Román
 Partidos jugados por Juan Román Riquelme en Copa Sudamericana 2009 |
2 | 0 | 0 |
| 7 |
Mouche, Pablo Nicolás
 Partidos jugados por Pablo Nicolás Mouche en Copa Sudamericana 2009 |
1 | 1 | 0 |
| 16 |
Marino, Guillermo Andrés
 Partidos jugados por Guillermo Andrés Marino en Copa Sudamericana 2009 |
1 | 0 | 0 |
| 14 |
Noir, Ricardo Daniel
 Partidos jugados por Ricardo Daniel Noir en Copa Sudamericana 2009 |
1 | 0 | 0 |
| 19 |
Rosada, Javier Ariel
 Partidos jugados por Javier Ariel Rosada en Copa Sudamericana 2009 |
1 | 0 | 1 |
| 17 |
Viatri, Lucas Ezequiel
 Partidos jugados por Lucas Ezequiel Viatri en Copa Sudamericana 2009 |
1 | 0 | 1 |
Jugadores utilizados: 16
| 12 |
García, Javier Hernán
 Suplencias sin ingresar de Javier Hernán García en Copa Sudamericana 2009 |
2 |
| 20 |
Krupoviesa, Juan Angel
 Suplencias sin ingresar de Juan Angel Krupoviesa en Copa Sudamericana 2009 |
2 |
| 21 |
Chávez, Cristian Manuel
 Suplencias sin ingresar de Cristian Manuel Chávez en Copa Sudamericana 2009 |
1 |
| 6 |
Forlín, Juan Daniel
 Suplencias sin ingresar de Juan Daniel Forlín en Copa Sudamericana 2009 |
1 |
| 18 |
Monzón, Luciano Fabián
 Suplencias sin ingresar de Luciano Fabián Monzón en Copa Sudamericana 2009 |
1 |
| 13 |
Sauro, Gastón
 Suplencias sin ingresar de Gastón Sauro en Copa Sudamericana 2009 |
1 |
Suplentes que no entraron: 6
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
Basile, Alfio
 Partidos dirigidos por Alfio Basile en Copa Sudamericana 2009 |
2 |
Asistente Historia de Boca