Tal como había sucedido en su ciclo anterior en el club cuando se jugaba la Mercosur, Bianchi decide poner un equipo alternativo en la segunda Copa en importancia creada por la Confederación. Eliminado Colón en octavos, Boca cae sin atenuantes ante Nacional de Medellín. La mente estaba puesta en el Campeonato y en la Intercontinental. El campeón del certamen es el Cienciano de Perú, derrotando a River en la final
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 24/09/2003 | Octavos de Final. Partido de Ida | Colón (Sta. Fe) 1 - Boca 1
 24/09/2003 |
Colón (Santa Fe) | V | |
| 09/10/2003 | Octavos de Final. Partido de Vuelta | Boca 2 - Colón (Sta. Fe) 1
 09/10/2003 |
Padre Ernesto Martearena (Salta) | L | |
| 22/10/2003 | Cuartos de Final. Partido de Ida | Boca 0 - Atl. Nacional (Col) 1
 22/10/2003 |
Boca Juniors | L | |
| 05/11/2003 | Cuartos de Final. Partido de Vuelta | Atl. Nacional (Col) 4 - Boca 1
 05/11/2003 |
Atanasio Girardot (Medellín) | V |
Boca ganó: 1 (25.00%)
Empató: 1 (25.00%)
Perdió: 2 (50.00%)
Goles convertidos: 4 (1.00)
Goles recibidos: 7 (1.75)
Total Partidos: 4 (33.33%)
| Jugador | Partidos | Goles |
|---|---|---|
Cángele, Franco Darío
 Partidos jugados por Franco Darío Cángele en Copa Sudamericana 2003 |
4 | 1 |
Villarreal, Javier Alejandro
 Partidos jugados por Javier Alejandro Villarreal en Copa Sudamericana 2003 |
4 | 1 |
Caneo, Miguel Eduardo
 Partidos jugados por Miguel Eduardo Caneo en Copa Sudamericana 2003 |
4 | 0 |
Fabbro, Jonathan
 Partidos jugados por Jonathan Fabbro en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 1 |
Alvarez, Pablo Sebastián
 Partidos jugados por Pablo Sebastián Alvarez en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Caballero, Wilfredo Daniel
 Partidos jugados por Wilfredo Daniel Caballero en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Crosa, Diego Sebastián
 Partidos jugados por Diego Sebastián Crosa en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Perea, Luis Amaranto
 Partidos jugados por Luis Amaranto Perea en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Rodríguez, Clemente Juan
 Partidos jugados por Clemente Juan Rodríguez en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Silvestre, Matías Agustín
 Partidos jugados por Matías Agustín Silvestre en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Vargas, Fabián Andrés
 Partidos jugados por Fabián Andrés Vargas en Copa Sudamericana 2003 |
3 | 0 |
Battaglia, Sebastián Alejandro
 Partidos jugados por Sebastián Alejandro Battaglia en Copa Sudamericana 2003 |
2 | 0 |
Burdisso, Nicolás Andrés
 Partidos jugados por Nicolás Andrés Burdisso en Copa Sudamericana 2003 |
2 | 0 |
Estévez, Raúl Enrique
 Partidos jugados por Raúl Enrique Estévez en Copa Sudamericana 2003 |
2 | 0 |
Sangoy, Gastón Maximiliano
 Partidos jugados por Gastón Maximiliano Sangoy en Copa Sudamericana 2003 |
2 | 0 |
Iarley, Pedro Lima Dantas
 Partidos jugados por Pedro Lima Dantas Iarley en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 1 |
Abbondanzieri, Roberto Carlos
 Partidos jugados por Roberto Carlos Abbondanzieri en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 0 |
Cagna, Diego
 Partidos jugados por Diego Cagna en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 0 |
Cascini, Alfredo Raúl
 Partidos jugados por Alfredo Raúl Cascini en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 0 |
Jerez, Pablo Ezequiel
 Partidos jugados por Pablo Ezequiel Jerez en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 0 |
Schiavi, Rolando Carlos
 Partidos jugados por Rolando Carlos Schiavi en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 0 |
Tevez, Carlos Alberto
 Partidos jugados por Carlos Alberto Tevez en Copa Sudamericana 2003 |
1 | 0 |
Jugadores utilizados: 22
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
Bianchi, Carlos
 Partidos dirigidos por Carlos Bianchi en Copa Sudamericana 2003 |
3 |
Veglio, Carlos José
 Partidos dirigidos por Carlos José Veglio en Copa Sudamericana 2003 |
1 |
