Versión más reducida de la Copa Argentina, con apenas 75 participantes. Hubo una sola fase previa antes de los treintaidosavos de final, en la que comenzaron a jugar los clubes de Primera. Boca debutó ante Atlético Güemes de Santiago del Estero.
| Día | Partido | Resultado | Estadio | C | |
|---|---|---|---|---|---|
| 29/06/2016 | Treintaidosavos de Final. Partido Único | Boca 4 - Güemes (Santiago) 0
 29/06/2016 |
Bicentenario (San Juan) | N | |
| 22/08/2016 | Dieciseisavos de Final. Partido Único | Boca 2 - Santamarina (Tandil) 1
 22/08/2016 |
Municipal (Formosa) | N | |
| 28/09/2016 | Octavos de Final. Partido Único. | Boca 2 (4) - Lanús 2 (2)
 28/09/2016 |
José M. Minella (Mar del Plata) | N | |
| 02/11/2016 | Cuartos de Final. Partido Único | Boca 1 - R. Central 2
 02/11/2016 |
Mario Kempes (Córdoba) | N |
Boca ganó: 2 (50.00%)
Empató: 1 (25.00%)
Perdió: 1 (25.00%)
Goles convertidos: 9 (2.25)
Goles recibidos: 5 (1.25)
Total Partidos: 4 (58.33%)
| Jugador | Partidos | Goles |
|---|---|---|
Pavón, Cristian David
 Partidos jugados por Cristian David Pavón en Copa Argentina 2016 |
4 | 3 |
Tevez, Carlos Alberto
 Partidos jugados por Carlos Alberto Tevez en Copa Argentina 2016 |
4 | 2 |
Pérez, Pablo Javier
 Partidos jugados por Pablo Javier Pérez en Copa Argentina 2016 |
4 | 1 |
Peruzzi, Gino
 Partidos jugados por Gino Peruzzi en Copa Argentina 2016 |
4 | 0 |
Benedetto, Darío Ismael
 Partidos jugados por Darío Ismael Benedetto en Copa Argentina 2016 |
3 | 2 |
Bentancur, Rodrigo
 Partidos jugados por Rodrigo Bentancur en Copa Argentina 2016 |
3 | 0 |
Insaurralde, Juan Manuel
 Partidos jugados por Juan Manuel Insaurralde en Copa Argentina 2016 |
3 | 0 |
Jara, Leonardo Rafael
 Partidos jugados por Leonardo Rafael Jara en Copa Argentina 2016 |
3 | 0 |
Sara, Guillermo Enrique
 Partidos jugados por Guillermo Enrique Sara en Copa Argentina 2016 |
3 | 0 |
Tobio, Fernando Omar
 Partidos jugados por Fernando Omar Tobio en Copa Argentina 2016 |
3 | 0 |
Vergini, Santiago
 Partidos jugados por Santiago Vergini en Copa Argentina 2016 |
3 | 0 |
Carrizo, Federico Gastón
 Partidos jugados por Federico Gastón Carrizo en Copa Argentina 2016 |
2 | 0 |
Centurión, Adrián Ricardo
 Partidos jugados por Adrián Ricardo Centurión en Copa Argentina 2016 |
2 | 0 |
Cubas, Adrián Andrés
 Partidos jugados por Adrián Andrés Cubas en Copa Argentina 2016 |
2 | 0 |
Fabra, Frank Yusty
 Partidos jugados por Frank Yusty Fabra en Copa Argentina 2016 |
2 | 0 |
Silva, Jonathan Christian
 Partidos jugados por Jonathan Christian Silva en Copa Argentina 2016 |
2 | 0 |
Zuqui, Fernando Rubén
 Partidos jugados por Fernando Rubén Zuqui en Copa Argentina 2016 |
2 | 0 |
Barrios, Wilmar Enrique
 Partidos jugados por Wilmar Enrique Barrios en Copa Argentina 2016 |
1 | 0 |
Bou, Walter
 Partidos jugados por Walter Bou en Copa Argentina 2016 |
1 | 0 |
Díaz, Daniel Alberto
 Partidos jugados por Daniel Alberto Díaz en Copa Argentina 2016 |
1 | 0 |
Lodeiro, Marcelo Nicolás
 Partidos jugados por Marcelo Nicolás Lodeiro en Copa Argentina 2016 |
1 | 0 |
Orion, Agustín Ignacio
 Partidos jugados por Agustín Ignacio Orion en Copa Argentina 2016 |
1 | 0 |
Jugadores utilizados: 22
| Director Técnico | Partidos |
|---|---|
Barros Schelotto, Guillermo
 Partidos dirigidos por Guillermo Barros Schelotto en Copa Argentina 2016 |
4 |
